肚子隐隐作痛主要很多原因导致，常见的是临床上的一些腹腔脏器的慢性炎症，出现了急性发作，比如慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠炎、十二指肠球部溃疡、慢性胆囊炎、慢性胰腺炎等，还有胆囊结石出现了急性发作，结核性腹膜炎。
此外还有炎性肠病，包括有溃疡性结肠炎，克罗恩病，以及肠道结核等，都可能会出现这些症状。
此外还可见于功能性的消化不良，比如肠易激综合征，胆道运动功能出现障碍，主要是由于患者的植物神经功能紊乱所引起，会出现有不同程度腹部的隐隐作痛的表现。
此外，还可见于腹腔脏器的一些外伤梗阻，比如慢性胃扭转、肠扭转、慢性的肠梗阻，甚至有胃癌、肠癌。
