肝内胆管结石与胆囊结石、胆管结石不同，是根据胆管结石发生的部位来区分的。肝内胆管结石是胆结石的一种，主要发生在肝脏、胆管内的结石，可以细分为左肝管结石和右肝管结石，进一步细分，还可以分为一级胆管、二级胆管、三级胆管和四级胆管内的结石。
胆管结石内的危害性取决于部位，特别是在肝内胆管的部位。临床发现，越是靠近主要胆管的结石，危害就越大，相反，越是发生在末梢的胆管结石，危害就相对非常小。肝内胆管结石发生的病因与很多因素有关，其中肝内胆管结石最重要的发生病因是胆道内的慢性的炎症，主要包括细菌性的感染、胆汁的淤积、营养不良等情况。常见的致病因素还包括有复发性的化脓性的胆管炎、胆道阻塞、胆道寄生虫病。
对于一些患者，由于不规律饮食、饱餐或进食油腻食物，也容易引发肝内胆管结石。肝内胆管结石的患者，特别是在末梢发生肝内胆管结石的患者，往往没有临床症状，而发生在主要胆管内的结石，这部分患者有可能产生严重的胆道炎症，甚至部分患者会出现黄疸，还是需要进行积极的治外科治疗。
