卵巢囊肿通常指的是良性的肿物，滤泡囊肿、黄体囊肿这类生理性囊肿，通常只需要定期复查，囊肿可能在2~3个月经周期后会自然的消退，不需要特殊的处理。炎症性疾病，如果口服抗炎药物或者是静脉保守抗炎之后效果不佳，脓肿机化包裹形成慢性的囊肿，可以考虑进行手术的探查。
子宫内膜异位囊肿，如果是导致不孕的主要原因或者是引发痛经症状比较严重，也可以考虑对直径大于4厘米的囊肿进行剥除，这一类患者建议月经干净3~7天后进行手术。
另外对于卵巢的恶性的肿瘤，该类手术属于限期手术，需要在尽可能短的时间内进行手术，可以起到较好的效果。另外如果囊肿出现了蒂扭转、破裂、感染，尤其是像蒂扭转这种引发急性腹痛，也称为急腹症的这种情况，可能需要尽快就诊到医院进行急诊的腹腔镜下的探查，进行肿物的剥除术，如果术中发现一侧的附件已经坏死，这时可能需要进行一侧附件的切除术。
