先心病患儿在手术以后也需要依据病情，来决定是否服药以及服药的时间长短。多数的先天性心脏病，比如室间隔缺损，房间隔缺损、动脉导管未闭、法洛四联症，以及一些复杂的先天性心脏病，比如完全性大动脉转位、完全性心内膜垫缺损、完全性肺静脉异位引流等等，在手术以后都不需要长期服药，只在手术以后服用一个月的强心利尿药就可以了。
如果某些心脏病比较复杂，手术效果不满意，在手术以后仍有畸形没有纠正，心脏存在异常分流或者畸形，就需要在手术以后持续的服药，辅助或者减轻心脏的负荷。对于某些姑息性的手术，比如体肺分流、上腔静脉肺动脉连接术、绝腔手术，这类的手术在手术以后需要服药，半年到一年或者更长时间的阿司匹林或者其他的抗凝血的药物。
