心内膜垫缺损在临床上属于一类复杂类型的先天性心脏病，现在心内膜垫缺损，可能的并发症有以下几个方面。
第一，术后房室传导阻滞，最多见的原因是心脏传导系统，局部的组织创伤或者机械性的损伤，也可能是术中低温、缺氧以及酸中毒引起，因此在手术当中应当加强心肌保护，在手术操作的时候尽可能的轻柔，避免房室传导阻滞的发生。
第二，术后瓣膜返流，常见的原因是瓣膜发育差，或者是瓣裂缝合后撕裂，婴幼儿瓣膜组织比较嫩，瓣膜的面积小，因此手术的难度比较大，特别是二尖瓣半的成型效果，直接影响患儿术后的心脏功能。因此在手术当中，对瓣膜的牵拉应当尽可能的轻柔，缝合的时候缝线需要使用垫片，防止术后瓣叶撕裂。
二尖瓣反流者在手术以后的管理时，应当加强强心、利尿、扩张血管的治疗，良好的控制血压，防止血压过高，造成瓣膜缝线的撕脱，从而加重瓣膜返流。在术后早期对患儿予以镇静，避免不必要的刺激，减少肺动脉高压危象的发生。
