目前治疗小儿室间隔缺损有两种不同的方法，也就是外科开胸手术修补和介入封堵两种方法。外科开胸手术修补，是传统的经典的治疗方法，介入封堵是近年来兴起的一种新的治疗方法，二者各有利弊或优缺点。
1、外科开胸手术修补适用于所有部位和类型的室间隔缺损，不过外科开胸手术需要开胸和体外循环，因此被认为创伤较大，术后胸壁会留有手术切口的疤痕。
2、介入封堵的方法，不需要开胸，也不需要体外循环，也没有手术切口，被认为创伤小和患者外形美观，但是由于室间隔缺损部位的特殊性，介入操作相对比较困难，而且导管或者封堵器容易损伤心脏的重要结构，因此对绝大部分的室间隔缺损，多数临床医生还是倾向于建议外科手术修补，而不是介入封堵的方法。
2、介入封堵的方法，不需要开胸，也不需要体外循环，也没有手术切口，被认为创伤小和患者外形美观，但是由于室间隔缺损部位的特殊性，介入操作相对比较困难，而且导管或者封堵器容易损伤心脏的重要结构，因此对绝大部分的室间隔缺损，多数临床医生还是倾向于建议外科手术修补，而不是介入封堵的方法。
不过对于某些部位的缺损，比如室间隔肌部的小缺损，外科手术可能很难找到缺损的位置，这时介入封堵的方法就称为一种优势了。
