在临床上，幽门螺杆菌感染主要发生于胃炎、胃溃疡的患者，它在胃黏膜壁上生长繁殖，也是导致胃炎、胃溃疡，甚至胃癌的一个重要的因素。治疗原则是选择四联的灭菌疗法。
所谓四联指的是选择四种药物，包括一种质子泵抑制剂，一种铋剂和选择两种抗生素联合治疗。质子泵抑制剂可以选择奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑等；铋剂一般可以选择胶体果胶铋等；抗生素的选择有很多，比如甲硝唑、克拉霉素、阿莫西林、呋喃唑酮、庆大霉素、左氧氟沙星等药物，选择这四类药物服用能够杀灭幽门螺杆菌，使疾病得到治愈。
但是要注意的是，药物在使用过程中要观察患者的反应，主要是药物的副作用，比如甲硝唑、呋喃唑酮等，可能对胃肠道造成一定的刺激，反而会加重一些症状，患者可能以为病情又严重了，其实不然，所以患者要定期复诊，调整治疗方案。
另外，要根据病情来选择药物治疗的时间，一般为两周，有些患者甚至达到一个半月左右的时间。患者还要定期复查，直到幽门螺杆菌为阴性，才可以暂停治疗。
