小儿川崎病的治疗目前已经比较成熟，经典的治疗方案是在急性期用大剂量的丙种球蛋白的冲击治疗，加上阿司匹林，绝大多数的儿童经过这两种药物的治疗以后，可以得到明显的缓解，但是也有少部分的儿童对丙种球蛋白的治疗不敏感，临床上称之为丙球耐受型的川崎病。
儿童除了用以上的阿司匹林以及大剂量丙种球蛋白以外，还要用激素治疗，最常用的是甲泼尼龙进行治疗，有些孩子对激素可能效果不好，可能要用一些比较新的免疫抑制剂，现在比较常用的有英夫利西单抗等药物进行治疗。
当然儿童川崎病还需要用一些辅助药物进行治疗，比如当患者出现很明显的冠状动脉瘤，而且瘤里面有血栓，除了用小剂量阿司匹林，在恢复期进行口服以外，可能还需要用华法林进行抗凝治疗，有些人还会加用双密达莫又叫潘生丁进行抗凝治疗。
