胆囊结石的病因很多，是一个多因素导致的疾病。任何疾病可能都有一些先天的基因的因素，也就是有些患者可能在基因里面就有胆囊结石容易形成的因素。可能有一些与胆囊结石、胆囊息肉以及胆囊癌都有关系，但是这些基因在人群中占比以及在胆囊结石里边的占比并不是非常的多，所以也就是有一部分是由于基因的问题。
后天的因素也有很多，比如胆囊的问题，胆囊的形态结构的异常，也会引起胆囊结石，比如胆囊是中间有分隔的葫芦形的胆囊，或者是两腔的胆囊，由于胆汁的排空异常，容易形成胆汁的积聚，所以容易形成胆囊结石。另外肝脏的病变也会促进胆囊结石的形成，因为肝脏是分泌胆汁的，胆汁里面的胆固醇的浓度比较高，胆固醇就容易析出，胆汁酸相对不足，析出的胆固醇结晶就会积聚，再加上一些其他的因素，包括感染的因素，瘀胆的问题等等就会形成结石。
还有一些问题，比如胃肠道的问题，也会引起胆囊结石，比如以前比较多见的胆道蛔虫，由于肠道的蛔虫有钻孔的习惯进入胆道，可能会引起胆囊结石，肠道里面寄生虫的发病率比较少了，但是还有消化或者是吸收功能障碍，比如由于高代谢症状引起的高脂，以及其他的病变也会导致胆囊结石，所以胃肠道的病变也是形成胆囊结石的原因。其实还有一些其他的因素，所以每个人是不一样的，与种族、地区的分布也都是有差异的，建议积极去治疗就可以了。
