自身免疫性肝病的病因尚不完全明确，可能与各种因素有关，如感染、物理和化学因素引起的免疫功能紊乱有关，明确的诱发因素是各种嗜肝病毒的感染。
那么这些病毒感染有什么呢？有乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、EB病毒以及麻疹病毒等，在激发免疫反应方面的作用比较肯定。病毒抗原表位和某些肝脏的抗原具有相同的决定簇，通过分子模拟而诱发交叉反应，进而导致自身免疫性的肝病的发生，比如丙型肝炎病毒感染的部分患者，血清中可以检测到多种非特异性的自身抗体，推测很可能是丙型肝炎病毒的感染改变了肝细胞膜上的蛋白质成分所致。
总的来说，自身免疫性肝病的诱发原因目前还不清楚，主要与嗜肝病毒有一定的关系。
