甲状腺肿瘤的发生机制目前不是很清楚，目前发现甲状腺肿瘤的发生可能跟以下因素有关。
1、遗传因素，研究发现有甲状腺肿瘤家族史的病人，发生甲状腺肿瘤的几率要明显的增高。
2、促甲状腺激素水平的增高。促甲状腺激素可以促进甲状腺细胞的增殖，有可能导致甲状腺肿瘤的发生。
3、放射线照射。放射线照射可以导致甲状腺细胞的坏死，可以导致甲状腺激素水平的分泌不足，可以反应性的造成促甲状腺激素水平的增高，从而促进甲状腺细胞的增殖，有可能导致甲状腺肿瘤的发生。
4、碘摄入异常。研究发现碘摄入不足，有可能导致甲状腺滤泡癌的发生，碘的摄入过多有可能导致甲状腺乳头状癌的发生。
5、性激素，研究发现，女性甲状腺肿瘤的发生几率是男性甲状腺肿瘤发生几率的三倍。甲状腺肿瘤中雌激素受体和孕激素受体，要明显的高于正常，所以性激素有可能在甲状腺癌的发病机制中起作用。
还有其他的一些致病因素，比如环境污染、吸烟、饮酒，还有精神刺激等。
