根据骨髓增生异常综合征不同的预后选择不同的治疗药物，对低危组主要是延长生存寿命，改善生活质量，所以支持治疗为主，可以选择中成药，也可以选择像促红素，还有白介素-11、特比澳、艾曲波帕，以升高血小板和红细胞目标为主。
对中高危组有恶性克隆，像原始细胞比较多，还有容易转化成急性白血病的类型，如果有合适的供者应该选择造血干细胞移植，尤其异基因的造血干细胞移植，尽快采用这种方法。如果需要用药控制的话，目前流行药物主要去甲基化的药物，有条件的去甲基化的药物联合bcl-2抑制剂是近年来很火热很有效的一个办法，让很多老年身体状况差，全血细胞减少的病例，白血病或者MDS疗效都会有明显的提高，所以这些药物都是常用的一些选择。
