移植以后肠道排异尤其在100天之内，移植以后的肠道排异是急性GVHD，急性移植物抗宿主病的重要表现，病人表现腹痛、腹泻、水样便，严重有绿色的水样便，海水样的大便，一天可以拉几千毫升，严重的影响生活质量，病人又缺营养状态，甚至出现胃肠道出血威胁生命，所以治疗还是以抗排异的治疗为主，一个是用环孢素还有用激素，再有抗CD25的单克隆抗体都可以考虑。
近年来新型的一些药物像芦可替尼、JAK2的抑制剂对肠道排异还是有一定效果，而且通过口服对肠道局部的炎症反应可以达到一定控制的目的，所以加进整个用药组合来说会提高缓解率，对肠道排异尽快控制到一二度，尽量避免出现三四度的排异反应，有可能增加病人的死亡率。
