目前三叉神经痛确切的原因还没有找到，有很多学说，比如血管压迫学说、神经的脱髓鞘学说、免疫学说、遗传因素，外伤因素等因素，只是对三叉神经痛的猜测，真正的原因目前还没有公布。
治疗主要是在能发现三叉神经出处的部位找到了比如脑膜瘤，胆脂瘤等压迫和化学刺激造成的病因，可以针对病因治疗。有些病人经过反复的检查，没有找到病因，这种原发的三叉神经痛按常规的方式，比如保守治疗无效，然后做手术方式去查，给病人做核磁时有可能病人拿到的结果显示三叉神经痛和动脉的小血管毗邻有动脉的压迫和刺激，这也不是金标准。
在手术的过程中从打开视野看，这根血管到底有没有刺激这根神经，可能跟影像学的报告不完全一致，这种情况大夫就要根据他的现实情况，不完全做血管的减压分离，可能还要做切断，所以三叉神经痛的病因没有找到，所以现在的治疗也不是特别的乐观和理想。
