如果巧克力囊肿比较小，通常不建议手术，但是只是观察，什么都不管也是不推荐的。
既往只要发现了囊肿就会建议手术，现在相对保守一些，一般4-5厘米以上比较大的囊肿，或者有生育打算而又怀不上的时候，才会建议手术。但如今出现了另一个误区，即发现1-2厘米的小巧克力囊肿后，仅仅定期随诊，不用药、不干预，这也是不对的。对于小的巧克力囊肿、內异症，临床诊断之后建议积极管理，但并不代表马上手术，而是需根据患者病情选择个体化的药物治疗，不能放任自流。若放任不管，小巧克力囊肿可能发展为大巧克力囊肿，轻度内异症可能进展为中重度，进而对后续怀孕造成较大影响。
关于小巧克力囊肿是否会快速增大，如从2厘米增至5厘米，这个是有可能的。目前医学推测，巧克力囊肿的发生可能是內异灶在经期破裂进入到黄体或卵泡中形成囊肿，临床中确实存在患者囊肿在两三个月内明显增大的情况。因此，对于小巧克力囊肿、轻度內异症，应积极用药干预，不能单纯观察。
