真菌性食管炎通常如果为轻度以及中度的食管炎大多数是因为长期以及滥用抗生素所导致的菌群失调，通常可以建议患者停用不必要的抗生素使用。通常真菌感染会在自身免疫力的抵抗下自行缓解，必要时可以家用胃黏膜保护剂以及质子泵抑制剂帮互帮助食道黏膜修复，同时，如果为重度的使真菌性食管炎，可以适当应用抗真菌类的药物。