慢性肾盂肾炎最严重并发症是慢性肾功能衰竭、尿毒症,慢性肾盂肾炎由于感染反复发作,可导致患者出现抵抗力降低,容易出现各种并发症,可以见于以下几方面:1、肾皮质小脓肿,往往是由于金黄色葡萄球菌所引起,有身体其他部位感染,通过血行播散,到达肾皮质形成小脓肿,有时会破溃后出现肾周围炎和肾周围脓肿等。2、肾周围炎、肾周脓肿,常见于严重肾盂肾炎反复发作,再加上机体抵抗力比较低,并发症更容易发生。3、肾积脓,由于糖尿病、肾盂与输尿管狭窄,以及身体抵抗力比较低,使用一些激素和免疫抑制药等,非常容易出现肾积脓。4、由于肾小管间质逐渐损伤,最终可能会导致肾小球硬化,从而出现慢性肾功能衰竭尿毒症,是导致慢性肾盂肾炎死亡的主要原因。